自創建至第二次世界大戰
自海軍士兵於1841年1月25日登陸這個「貧瘠的島嶼」伊始，相信當時維多利亞女皇政府無從預見這片「奉女皇陛下創立」的殖民地會急速發展為東方及西方的交通要塞、今日的國際都會。
當時正值殖民地擴展及傳教士積極宣教的時期，但要在香港這片維多利亞的殖民地上，奠基興建一座教堂，工程仍較原定時間推遲了六年。聖約翰座堂得以建立，全賴當時的居民及社會領袖的無私奉獻及決心。他們竟然在未離開澳門、遷到香港定居前，已開展籌款興建教堂的活動。1849年，聖約翰座堂正式落成啟用。
1941至1945日本佔領期
1939年9月二次世界大戰開始，作為英國殖民地，香港一方面要支持英國在歐洲戰役的負擔，另一方面要應付從中國湧入的難民及公務員撤退潮的內部難題，並進行各項的緊急撤離。
日本是第一次世界大戰的同盟國，當時已展露其為遠東的強國，並於1937年與中國捲入糾紛。1941年12月8日的早晨，日本於襲擊珍珠港之後，進攻香港。
即使處於逆境，並受到連天的炮火轟炸，羅士牧師仍然於1941年的聖誕日早上，在聖約翰座堂與一百多名信眾舉行聖誕日崇拜。當日下午，經過不夠三個星期的苦戰後，港督楊慕琪決定向日本投降。
日本佔領三年零八個月期間，教會的靈性生活仍然活躍。在深水埗的軍人集中營中，隨軍牧師在臨時設置的小聖堂仍舉行正常的崇拜，現時在聖米迦勒小聖堂內見到的屏風，正是當年存留下來的紀念物品之一。與日本交戰的各國人士皆被拘留在赤柱半島，包括聖士提反書院的場地。一眾牧師仍保持聯合教會及國際性的崇拜項目，聖餐崇拜仍於每主日舉行。
由二次世界大戰結束至現在
1945年9月9日，皇家海軍抵達香港後，座堂終於首次舉行崇拜。自此以後的多年，最接近8月28日的星期日都被訂定為重光日的慶祝，用以紀念這些苦難日子。不久，何明華主教從華西返港，羅士牧師（他的夫人瑪莉同在赤柱拘留營渡過四年）被委任為座堂主任牧師。主教及座堂主任隨即開展重修座堂及再建立牧養信眾的計劃。
座堂的外展服務
早年，聖約翰座堂在靈命生活上肩負重要角色，服務廣闊的地區，包括中國及日本。教區的先賢為培育年青人投身教區事工及餵養維多利亞居民的靈命，實在不遺餘力。當維多利亞教區誕生二十三載時，開始創立了華北教區，隨後數年更再擴展分柝，並由1951年設立我們今日的香港教區。
外展及社區活動
從聖約翰座堂多年來的外展及社區活動中，可見香港社會的變遷。在20世紀初，聖約翰座堂的外展工作未真正被確立，但舊副堂於1921年的開放給外界人士使用，例如借予皇家海軍成員舉行的冬季舞蹈盛會，肯定有助提昇座堂的社區服務範疇。
聖約翰座堂於1931年起已設有宣教及牧養委員會，該委員會主要為中國北海的痳瘋病患者及中國傳道事工募捐衣服及藥物。在座堂的北翼內設有傳道角，以提醒會眾對中國傳道事工的職責。另外，當時有母親的聯盟自發為孤兒及有需要的兒童提供衣服。何明華主教於1937年在大埔創立一所孤兒院（現為聖基道兒童院）之前，便在聖約翰座堂展開有關的工作。戰前，座堂更設有婦女協會及男士會社。
直至二次世界大戰完結前，香港社會相當缺乏福利事工。每次中國戰事爆發時，無家可歸的人、貧困兒童、難民、貧窮及文盲皆成為本港的常見問題。日本未入侵香港前的十年，香港的人口已暴升三倍。為應付自1938年起因日本入侵廣東省而大量湧入之逃亡難民，教會遂展開一項有計劃的社會福利事業，而何明華主教對此行動起了領導作用。
戰後，香港背負着房屋﹑社會福利等重大問題，聖約翰座堂本身亦要面對重修及重組信眾的重大工作。社會大眾對教會重修募捐的呼籲反應良好，在1947年已籌得所需款額的半數。
1949年，中華人民共和國成立，聖約翰座堂亦慶祝其建堂一世紀。另一批的政治難民從中國湧入，使香港人口再度膨脹，令香港逐漸發展成為主要的工商業中心。
何明華主教當時帶領教會與其他機構共同合作，對人口急劇增長作出關顧，在灣仔所設立的聖雅各福群會正是當時其中一項事工。1949年，聖雅各福群會在灣仔的一所廟宇開展工作，並設男童及女童會所各一，兩年後遷往鄰近的一間尼克森式的簡易房屋。福群會集中培育居民的讀寫及務實的技術技能訓練，為社會人士所稱讚。目前，聖雅各福群會座落於新建成的十一層高、多元化的社會服務大廈，毗鄰起初開展工作的廟宇。歷年來，聖約翰座堂積極參與聖雅各福群會的事工，故此，堂議會選出兩名代表參與聖雅各福群會執行委員會的工作。
在過去的日子，香港政府逐漸提升社會福利計劃，但在很多的範疇上仍有相當的改善空間，也需要私人的自發參與，需要幫助的地區仍然存在。現時，不少聖約翰座堂的會友以個人身份或參與團體的方式，積極為這些有需要的地區工作，他們也會不時關注在香港以外的地區的需要。
座堂於1962年成立關愛服務組，以各種不同的義務工作為教會及社區服務，其中包括薛本德座堂主任牧師及一群牧區教友早已展開為中國沿海地區的長者的事工，及寄聖誕郵包給有需要的兒童或售賣自己的工藝製成品籌募善款等。現時，關愛服務組的週會逢週三舉行。
座堂亦有其他成員在觀塘的基督教家庭中心的日間托中心為長者服務，義務為病人及他們的家人、不能外出者給予安慰及陪伴，或提供護理及治療等工作。
要數算聖約翰座堂成員所舉辦最有意義的籌款項目，則非每年舉辦的聖約翰座堂賣物會莫屬。多年來，賣物會所得的捐款，均用作捐助多間香港的慈善及福利機構。
座堂會友不分國籍、性別及年齡，為各方有需要的人士伸出援手，和各人分享他們的恩賜，令聖約翰座堂及社會均獲益。
聖約翰座堂設有主日學，每逢主日在李慧珍副堂聚會。另外，自1955年起，香港第36旅童軍定期在座堂聚會及練習。此外，還有很多其他自助式小組於座堂舉行集會，座堂各個研經組亦定期舉行聚會。
菲律賓基督徒團契在過去五年定期有研經、唱詩及團契聚會。現時，居港的非華裔人士及菲籍人士超過五分之一。他們大多在數十年前已在香港為頗富裕的華人或外籍人士的家庭傭工，雖然他們當中不乏有識之士，有大學畢業的，甚至是教師出身。但他們離鄉背井，只為來港賺取更高的收入，在財政上支援菲律賓的家人。座堂設有家傭匡扶中心及外勞事工中心，為外籍家庭傭工或移民工提供輔導及協助。
聖約翰座堂設有自資的輔導服務中心。輔導服務中心自1978年開始提供輔導服務，提供人格成長﹑人際關係之輔導。
座堂書店設立在李堂毗鄰。經過各位義務工作人員的苦幹，他們把書店從一個書架式的設立到如今有一所店鋪。書店為顧客提供各類本港並不容易買到的基督教讀物，座堂崇拜所使用的各版本聖經及公禱書等也有發售，此外，書店亦有大量的兒童書籍、禮品及賀卡等，供不同年齡的人士選購。
座堂亦擁有一所小型的宗教書籍圖書館，設在行政綜合樓，歡迎任何有興趣的人士閱覽。現時，圖書館由一位義務性質的館長所管理。
《In Touch》（前稱《St John's Review》）是一本報導有關聖約翰座堂及它的附屬教堂的刊物，免費派發予本港及海外的教友。顧柏牧師（The Revd H.V Koop）於1929年印行這份雜誌以代替從前的《座堂短訊》。在2014年，《St John's Review》重新命名為《In Touch》。
至於為市民大眾而設的音樂欣賞方面，於每週定期所舉行的週三午間音樂會及於晚間演出的各類演奏會，無論是聲樂或樂器的演出都是座堂生活的一環。
每年，座堂會因應各個組織的慶典，而為他們舉行特別崇拜，諸如聖約翰救傷隊主日，以及和平紀念主日等的崇拜。以往座堂亦曾為飛行隊伍及航海人員舉行崇拜。
聖約翰座堂自創堂依始，大部分的崇拜皆採用英語，教區的特別崇拜會同時使用廣東話或普通話。現時，座堂每逢周日早上八時、九時正、十一時四十五分及下午五時舉行英語崇拜。廣東話崇拜每逢周六下午六時舉行，每逢周日上午十時三十分舉行普通話崇拜；而菲律賓語崇拜則每逢周日下午一時三十分舉行。此外，座堂每日均設有聖餐崇拜。